Проектирование взаимодействия белковой молекулы с лекарственным препаратом (молекулярный докинг)
Несколько лет назад мы занимались этой разработкой, но мы завершили работу в области биотехнологий после негативного опыта. Наши разработки не имеют патентов и мы не совсем понимаем, как представлять эти работы. Тем не менее, мы решили представить весь цикл наших разработок. Смысл всех наших разработок в вопросе: можно ли перевести всю биологию в цифру? То есть, можно ли дать каждой биологической единице (молекула белка, кодон и так далее) цифровое значение, чтобы объяснить биологические явления с помощью математического алгоритма? Да, это все понятно, что биологическая система-открытая система, которая проводит обмен веществом и энергией с внешней средой. Но, без цифровизации всех биологических процессов невозможно будет создать искусственный интеллект.
Нами было создано интерактивное GUI-приложение на Python (Tkinter + Matplotlib), которое имитирует процесс взаимодействия "протеин-лиганд". Программа будет принимать параметры белка и лекарства, визуализировать структуру активного центра и молекулы, рассчитывать энергию связывания (энергия Гиббса) и давать детальное физико-химическое объяснение взаимодействия. Выход 1 - будет ли взаимодействие и насколько стабилен будет комплекс? Выход 2 - поиск оптимальной дозы лекарственного средства для максимального взаимодействия с белковой молекулы. Эта проблематика имеет огромное значение при создании нового лекарственного средства. Мы специально не использовали специальные библиотеки. Также наша Презентация была написана в созданном нами сервисе по созданию Презентаций. Сервис создан на чистом python.
