Программный комплекс для предсказания аффинности лигандов к мембранным белкам методами компьютерного моделирования. Проект решает проблему высокой стоимости и длительности экспериментального поиска модуляторов мембранных белков — мишеней, на которые приходится значительная часть современных лекарственных препаратов, но которые из-за сложности нативного липидного окружения плохо поддаются стандартным методам виртуального скрининга.

Комплекс объединяет в единый пайплайн методы возмущения свободной энергии (FEP), хорошо-темперированной метадинамики (WTMetaD) и динамического молекулярного портрета (ДМП) для расчёта энергии связывания лигандов с сайтами ионных каналов семейства TRP непосредственно в липидном бислое. Это позволяет проводить виртуальный скрининг кандидатных молекул на этапе, где экспериментальные данные ограничены или отсутствуют, снижая затраты и сроки доклинического поиска модуляторов мембранных белков.

Проект реализуется при поддержке гранта «УМНИК» Фонда содействия инновациям; на текущем этапе разрабатывается протокол расчёта и проводится верификация на тестовых системах.

Проект реализуется одним участником — Веретененко Ириной, автором и единственным исполнителем разработки. В рамках проекта она самостоятельно выполняет полный цикл работ: разрабатывает методологию расчёта аффинности лигандов к мембранным белкам (объединяя методы FEP, WTMetaD и ДМП), реализует программный комплекс для виртуального скрининга, проводит расчёты и молекулярно-динамическое моделирование, верифицирует результаты на тестовых системах с известными структурными данными, а также готовит документацию и результаты к последующей регистрации.

На страницу проекта