Программное обеспечение (ПО) осуществляет управление регистрами FPGA платы DE10-Standard, чтение и обработку амплитудной информации в форме временных разверток сигналов с двух каналов АЦП, выделение сигналов, вызванных захватом тепловых нейтронов в сцинтилляторе, по алгоритму, реализующему упрощенный метод интегрирования заряда. В ходе обработки осуществляется разделение сигналов по типу инициировавшей их частицы (нейтрон или заряженная частица), ведется счет количества нейтронов, зарегистрированных за 10-секундные и 1-минутные временные интервалы. Полученные скорости счета нейтронов и информация о работе детектора выводятся на пользовательский экран. Результаты обработки сигналов записываются в базу данных SQLite на внутреннем носителе платы Terasic DE10-Standard, каждому импульсу присваивается метка локального времени с точностью до единиц миллисекунд. В ПО реализована возможность удаленного взаимодействия со специализированной программой-клиентом по сети Ethernet по протоколу HTTP.